Shinya Yamanaka (D. 4 Eylül 1962 - Higashiosaka, Osaka, Japonya) Japon hekim ve araştırmacı. Kök Hücre Araştırmaları Dernegi (ISSCR) başkanı. Kyoto Üniversitesi Frontier Tıp Bilimleri Enstitüsü'nde profesör. Shinya Yamanaka, Rudolf Jaenisch ile 2011 yılında İç Hastalıkları Wolf Ödülünü aldı. 2012 Nobel Fizyoloji ve Tıp Ödülünü bir diğer bilim adamı John B. Gurdon ile paylaşmıştır.
